U milodiy 1885-yili Turkiston oʻlkasining qadimgi nomi "Bolasog‘un" bo‘lgan Toʻqmoq (hozirgi Qirg‘iziston) shahrida tugʻilgan (Adabiy taxallusi tugʻilgan shahrining qadimiy nomi "Balasogʻun" bilan bogʻliq). Alixonto‘raning otasi (asli Andijonlik) Shokirxonto‘raning 3 o‘gli bor, Alixonto‘ra esa ikkinchi (o‘rtancha) o‘g‘il edi. Ikki marta (1905-1924) Makkaga haj qilgan. Shokirxontoʻra davrining oʻqimishli kishisi boʻlgani uchun oʻgʻlini Saudiya Arabistonining Madina shahriga oʻqishga yuboradi. Keyinchalik u tahsilni Buxorodagi Mir Arab madrasasida davom ettiradi. Yaxshi bilim olgan Alixontoʻra ulugʻ olim va siyosiy arbob boʻlib yetishadi. Tafsir, hadis, fiqh ilmlari bilimdoni, maʼrifatparvar va taqvoli zot edi. 1915–1923-yillarda Buxoro madrasasida Islom dinidan dars beradi.